まずは、相手方の主張する内容をよく検討し、自分の行為が相手方の権利の侵害に該当するかどうかを判断しましょう。
侵害ではないと判断する場合には、その旨を相手方に返答するか、裁判所で主張することができます。この主張には、自分の行為は相手方の権利範囲外であり、侵害ではない旨の主張(否認)と、自分の行為は相手方の権利範囲内であるが、先使用権等を有するため侵害とはならない旨の主張(抗弁)の2種類があります。こちらの主張が認められれば、行為の差止や損害賠償をする必要はありません。
上記の否認や抗弁といった反論ができない場合は、損害賠償請求や差止請求を受け入れるしかありません。しかし、設計変更等によって相手方の権利範囲外にすることが可能であれば、行為の差止は逃れることができます。また、相手方とライセンス契約を結ぶことが可能な場合は、ライセンス料を支払うことで、行為の差止を逃れることができます。
このように侵害の警告を受けた場合には、侵害となるかどうかの判断や、否認や抗弁の手法について等、専門的な知識が必要となりますので、弁理士等の専門家に相談することをお勧めします。